أبرز الإجراءات التي فرضتها إدارة السّجون بحقّ الأسرى منذ بدأ معركة طوفان الأقصى
-تهديدات مباشرة تلقاها بشكل خاص أسرى حركة حماس، والجهاد الإسلامي.
-عمليات اقتحام نفّذتها قوات القمع المدججة بالسلاح، ومن بين السجون التي تعرضت لاقتحامات، سجن (الدامون) السجن الذي تحتجز فيه غالبية الأسيرات، وسجون (النقب، وعوفر، ومجدو). 
-تم توثيق عمليات عزل لعدد من الأسرى من خلال نقلهم إلى الزنازين، من بينهم ممثلة الأسيرات مرح باكير.
-عمليات نقل جماعية طالت أسرى غزة في سجن (النقب) حيث جرى نقلهم إلى سجن (نفحة)، إلى جانب عملية نقل تمت داخل السجن الواحد كما جرى بحقّ الأسرى القابعين في قسم الخيام في سجن (النقب) حيث جرى نقلهم وتوزيعهم على بقية الأقسام.